御朱印は、すべてのお寺でもらえるというわけではありません。なかには御朱印をやっていない宗派もあります。よく知られているのが、浄土真宗の本願寺派や大谷派の寺院です。なぜ、浄土真宗では御朱印をしていないのか公式HPのコラムでは以下のように述べています。
回ったお寺の数だけ朱印が増えていくことは楽しみでありましょう。また、八十八箇所とか三十三所というように決められた場所をすべて回ったときには、何らかの達成感があることもわかります。
でも、ちょっと待ってください。お寺とは朱印を集めるためにお参りするところなのでしょうか。それならば、一度朱印をもらえば、二度とお参りすることはないでしょう。大事なのはお参りしたことがあるかどうかではなくて、お参りして教えに出遇（あ）ったかどうかです。また、どんな教えに出遇ったかということであるはずです。（真宗大谷派東本願寺公式HP「朱印をしない理由」より引用）
また、なかには寺社の都合によって御朱印をしていないところもあるため「御朱印は行けば必ずもらえるもの」という認識でいるのは間違いだといえます。
寺務所や社務所で「うちは御朱印はやっていないんです」と言われても「なぜですか」などといって詰め寄ったり、「せっかく来たんだから、なんでもいいから一筆書いてよ」などと無茶を言わないようにしましょう。
